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首頁(yè) 產(chǎn)品應用 技術(shù)知識 LI-6800數據分析 | 文章的圖形和照片的拼接也可以用 R 啦

LI-6800數據分析 | 文章的圖形和照片的拼接也可以用 R 啦

來(lái)源:北京力高泰科技有限公司 發(fā)布日期:1970-01-20 04:54:41 瀏覽次數:1784

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LI-6800高級光合-熒光測量系統

在文章中難免有太多需要拼圖的地方,例如作圖的時(shí)候直接將幾幅圖拼在一起,這種方式的拼圖比較好處理,有大量的軟件包做這個(gè)事情,例如 patchwork,還有一種就是實(shí)驗的拍照,需要拼圖,或者拍照和作圖拼在一起,這種方式我們通常都手動(dòng)處理,實(shí)際上,現在在 R 里也有解決方案了,那就是今天要介紹的 figpatch 軟件包,與 patchwork 是絕配。

安裝

安裝很簡(jiǎn)單,從 CRAN 即可,現在 github 不是那么好用:

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要使用還是必須進(jìn)行一如既往的操作:

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使用

我這里使用兩次 RACiR 測量的數據,因為這兩個(gè)數據來(lái)源于水稻,所以我網(wǎng)上隨便找了兩個(gè)水稻的圖片,當做兩次測量的植株處理。

先將數據讀入:

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后面簡(jiǎn)化操作步驟,用 ggplot2 默認的 loess 方式擬合一下數據,不再進(jìn)行一個(gè)非線(xiàn)性擬合后在寫(xiě)入公式。

與作圖數據進(jìn)行拼圖

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實(shí)際上測量時(shí)水稻是種在溫室里相鄰的兩個(gè)水池內,長(cháng)勢也一致,這里只是作為演示用,所以不要誤會(huì )。

拼圖時(shí)圖形我們可以設置長(cháng)寬比,方便我們調整圖形的外觀(guān),例如下面三個(gè)例子:

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標簽

作為標準的科研圖形,加標簽很重要:

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拼接照片

拼接照片也很方便:

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拼接多個(gè)圖片

如果有大量的圖片,可以先把他們拼接成向量或列表,以及利用相關(guān)參數調整邊距等

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添加特定文本

figpatch 實(shí)際上是對圖片進(jìn)行 ggplot2 包裹,他的 fig() 實(shí)際上是 ggplot 對象,labels則是坐標軸 (x 或 y)。因而可以根據這個(gè)來(lái)定制特定文本的顯示。

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參考資料

https://github.com/bradyajohnston/figpatch

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